| 1. Identificação | |
| Tipo de Referência | Tese ou Dissertação (Thesis) |
| Site | mtc-m16c.sid.inpe.br |
| Código do Detentor | isadg {BR SPINPE} ibi 8JMKD3MGPCW/3DT298S |
| Identificador | 6qtX3pFwXQZ3P8SECKy/GbbLv |
| Repositório | sid.inpe.br/jeferson/2005/05.17.12.04 (acesso restrito) |
| Última Atualização | 2008:03.26.19.48.10 (UTC) simone |
| Repositório de Metadados | sid.inpe.br/jeferson/2005/05.17.12.04.05 |
| Última Atualização dos Metadados | 2021:11.04.21.18.28 (UTC) simone |
| Chave Secundária | INPE-14832-TDI/1272 |
| Chave de Citação | Rodrigues:2005:SiSiIn |
| Título | Sistema para simulação interativa de dinâmica molecular em um ambiente paralelo  |
| Título Alternativo | System for interactive molecular dynamic simulation in a parallel environment |
| Curso | CAP-SPG-INPE-MCT-BR |
| Ano | 2005 |
| Data Secundária | 20050329 |
| Data | 2005-03-29 |
| Data de Acesso | 27 abr. 2024 |
| Tipo da Tese | Dissertação (Mestrado em Computação Aplicada) |
| Tipo Secundário | TDI |
| Número de Páginas | 93 |
| Número de Arquivos | 288 |
| Tamanho | 15137 KiB |
| 2. Contextualização | |
| Autor | Rodrigues, Eduardo Rocha |
| Grupo | CAP-SPG-INPE-MCT-BR |
| Banca | Silva, José Demisio Simões da (presidente) Preto, Airam Jônatas (orientador) Stephany, Stephan (orientador) Granato, Enzo Divério, Tiaraju Asmuz |
| Universidade | Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais (INPE) |
| Cidade | São José dos Campos |
| Histórico (UTC) | 2005-05-17 12:04:06 :: jefferson -> administrator :: 2006-09-27 21:18:16 :: administrator -> jefferson :: 2008-05-02 16:43:28 :: jefferson -> administrator :: 2008-09-05 22:00:55 :: administrator -> jefferson :: 2009-04-30 15:52:06 :: jefferson -> administrator :: 2009-07-07 16:12:45 :: administrator -> jefferson :: 2009-07-08 15:16:40 :: jefferson -> camila :: 2010-03-08 17:07:01 :: camila -> ricardo :: 2011-03-10 12:52:04 :: ricardo -> jefferson :: 2011-03-10 12:52:36 :: jefferson -> viveca@sid.inpe.br :: 2005 2011-03-10 12:53:46 :: viveca@sid.inpe.br -> administrator :: 2005 2019-03-25 13:20:28 :: administrator -> sergio :: 2005 2020-07-08 13:05:26 :: sergio -> simone :: 2005 2021-11-04 21:18:28 :: simone -> sergio :: 2005 |
| 3. Conteúdo e estrutura | |
| É a matriz ou uma cópia? | é a matriz |
| Estágio do Conteúdo | concluido |
| Transferível | 1 |
| Palavras-Chave | computação aplicada processamento de alto desempenho dinâmica molecular simulação interativa distribuída Python (linguagem de programação) computer science clusters high performance computing molecular dynamics distributed interactive cimulation Python (programming language) clusters |
| Resumo | Este trabalho apresenta uma implementação proposta para paralelização de simulações interativas de Dinâmica Molecular (DM) utilizando o ambiente PyMPI, o qual estende a linguagem Python para o execução paralela através da biblioteca de comunicação MPI. Utilizou-se como estudo de caso o ADKS, que é um software interativo para simulações de DM aplicadas a defeitos em sólidos, tais como fraturas e contornos de grão. Uma máquina paralela de memória distribuída composta de 5 nós biprocessados foi empregada. Inicialmente, paralelizou-se o motor de simulação do ADKS utilizando-se a abordagem de decomposição espacial do domínio entre processadores e a biblioteca MPI. Empregou-se comunicação não bloqueada para otimizar o desempenho computacional, obtendo-se então speedups próximos do linear nos casos analisados. As simulações interativas paralelas foram modeladas como um autômato finito e implementadas por meio do ambiente PyMPI. O motor de simulação foi então integrado a esse ambiente de forma que suas rotinas associadas sejam acessíveis ao usuário na forma de comandos. Um novo módulo de visualização foi integrado à simulação interativa e executado no nó mestre, que executa a interface de usuário. Esse módulo é baseado naquele do ADKS e exibe as partículas em uma janela gráfica. O desempenho paralelo das simulações interativas foi ligeiramente inferior ao do motor de simulação devido à comunicação das coordenadas atualizadas das partículas ao processador mestre. Testes com simulações específicas demonstraram a viabilidade da abordagem proposta. ABSTRACT: This work presents a proposed implementation of a Molecular Dynamics (MD) interactive simulator. It employs the PyMPI environment, that extends the Python language for parallel execution by means of the MPI communication library. The ADKS was chosen as a case study. It is an interactive software for MD simulations aimed at defects in solid materials, such as fractures and grain boudaries. A distributed memory parallel machine composed of 5 biprocessor nodes was employed. In a first step, the ADKS simulation engine was parallelized by means of the MPI library and the partition of the simulation domain among processors. In order to optimize the computational performance, non blocking communication was employed. As a result, speedups very close to linear were obtained in the test cases. The parallel interactive simulations were modelled as a finite automata and implemented by means of the PyMPI environment. The simulation engine was integrated to this environment in such a way that its routines were made available as user commands. A new visualization module was integrated to the interactive simulation and executed in the master node, that runs the user interface. This module is based on the original ADKS one and displays the particles in a graphical window. The parallel performance of the simulation coupled to visualization was slightly lower than that of the stand alone simulation engine. This is due to the communication that is required to update the particle coordinates in the master node. Specific test cases were executed with visualization showing the feasibility of the proposed approach. |
| Área | COMP |
| Arranjo | Projeto Memória 60... > Produção pgr ATUAIS > CAP > Sistema para simulação... |
| Conteúdo da Pasta doc | acessar |
| Conteúdo da Pasta source | não têm arquivos |
| Conteúdo da Pasta agreement | não têm arquivos |
| 4. Condições de acesso e uso | |
| Idioma | pt |
| Arquivo Alvo | paginadeacesso.html |
| Grupo de Usuários | administrator jefferson sergio simone viveca@sid.inpe.br |
| Grupo de Leitores | administrator sergio simone |
| Visibilidade | shown |
| Detentor dos Direitos | originalauthor yes locatedauthor no |
| Detentor da Cópia | SID/SCD |
| Permissão de Leitura | deny from all |
| Permissão de Atualização | transferida para sergio |
| 5. Fontes relacionadas | |
| Unidades Imediatamente Superiores | 8JMKD3MGPCW/3F2PHGS |
| Divulgação | NTRSNASA; BNDEPOSITOLEGAL. |
| Acervo Hospedeiro | sid.inpe.br/mtc-m18@80/2008/03.17.15.17 |
| 6. Notas | |
| Campos Vazios | academicdepartment affiliation archivingpolicy archivist callnumber contenttype copyright creatorhistory descriptionlevel doi e-mailaddress electronicmailaddress format isbn issn label lineage mark mirrorrepository nextedition notes number orcid parameterlist parentrepositories previousedition previouslowerunit progress resumeid schedulinginformation secondarymark session shorttitle sponsor subject tertiarymark tertiarytype url versiontype |
| 7. Controle da descrição | |
| e-Mail (login) | sergio |
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